AGATOS S przeznaczony jest przede wszystkim do cementowania koron, mostów i wkładów koronowo-korzeniowych oraz do podkładów cienko- i grubowarstwowych. 
Można go również stosować do wypełniania kanałów korzeniowych, szczególnie w przypadku przygotowania zęba do resekcji wierzchołka korzenia. Cement powoduje szczelne zamknięcie otworu wierzchołkowego korzenia zęba. W przypadku wypełniania kanałów korzeniowych należy pamiętać, że cement jest bardzo twardy i w razie potrzeby trudno go będzie usunąć.